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药用栽培者品种单调，花多为白色。以根皮入药，称牡丹皮，又名丹皮、粉丹皮、刮丹皮等，系常用凉血祛瘀中药。李时珍谓：“牡丹以色丹者为上，虽结籽而根上生苗，故谓之牡丹”，还认为野生单瓣者入药为好，人工为观赏栽培的重瓣者气味不纯，不可药用。
丹皮以安徽、四川产量大，安徽铜陵凤凰山为牡丹皮之乡，所产丹皮质最佳，习称凤丹。丹皮以皮厚、肉质、断面色白、粉性足、香气浓、亮星多者为佳。药材呈筒状或半筒状，有纵剖开的裂缝，略向内卷曲或张开，长5-20厘米，直径0.5-1.2厘米，厚1-4毫米，外表面灰褐色或黄褐色，有多数横长皮孔及细根痕，栓皮脱落处粉红色。内表面淡灰黄色或浅棕色，有明显的细纵纹，常见发亮的结晶（亮星，牡丹酚结晶）。质硬而脆，易折断，断面较平坦，淡粉红色，粉性。气芳香，味微苦而涩。饮片为淡粉红色弯月状或环状薄片。
丹皮性微寒，味苦、辛。归心、肝、肾经。清热凉血，活血化瘀。用于温毒发斑、吐血衄血、夜热早凉、无汗骨蒸、经闭痛经、痈肿疮毒、跌扑伤痛等证。现代研究表明，牡丹皮有抗菌、抗炎、抗过敏、抗肿瘤、止血、祛瘀血、清热解毒、镇静、镇痛、解痉等活性，还能促进单核细胞吞噬功能，提高机体特异性免疫功能，增加免疫器官重量。应用时应注意，血虚有寒，孕妇及月经过多者慎用。牡丹花含黄芪苷，除观赏外还可入药，用于调经活血。
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