用作苗圃的土地，最好地势平坦、土壤疏松、排灌方便，如有条件，可选择砂壤土。除此之外，还要在播种或扦插前进行土壤消毒，消灭土壤中的病菌，确保花苗的安全生长。
消毒的方法很多，但常用且效果较好的方法有以下六种：
一、五氯硝基苯消毒法
每平方米苗圃地用75％五氯硝基苯4克、代森锌5克，两药混合后，再与12公斤细土拌匀。播种时下垫上盖。此法对防治由土壤传播的炭疽病、立枯病、猝倒病、菌核病等有特效。
二、福尔马林消毒法
每平方米苗圃地用福尔马林50毫升加水10公斤均匀地喷洒在地表，然后用草袋或塑料薄膜盖，闷10天左右揭掉覆盖物，使气体散发掉，过2天后便可播种扦插。对防治立枯病、褐斑病、角斑病、炭疽病等有良好的效果。
三、波尔多液消毒法
每平方米苗圃地用等量式（即：硫酸铜：石灰：水的比例为1：1：100）波尔多液2.5公斤，加赛力散10克喷洒土壤，待土壤稍干即可播种扦插。对防治黑斑病、斑点病、灰霉病、锈病、褐斑病、炭疽病等效果较明显。
四、多菌灵消毒法
多菌灵能防治多种真菌病害，对子囊菌和半知菌引起的病害效果很明显。土壤消毒用50％可湿性粉剂，每平方米施用1.5克，可防治根腐病、茎腐病、叶枯病、灰斑病等，也可按1：20的比例配制成毒土撒在苗床上，能有效地防治苗期病害。
五、硫酸亚铁消毒法
用3％溶液处理土壤，每平方米用药液0.5公斤，可防治针叶花木的苗枯病；桃、梅缩叶病。同时，还能兼治缺铁花卉的黄化病。
六、代森铵消毒法
代森铵为有机硫杀菌剂，杀菌力强，能渗入植物体内，经植物体内分解后还有一定肥效。用50％水溶代森铵350倍液，每平方米苗圃土壤浇灌3公斤稀释液，即可防治花卉的黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病，还能有效地防治球根类种球的多种病害。